Emmanuel Bex naît à Caen en 1959, dans une famille de musiciens. Son père et son grand-père sont pianistes, sa mère professeure de solfège. À huit ans, il entre au Conservatoire de Caen dont il ressort avec de nombreux prix : 1er prix de piano, 1er prix de basson et 1er prix de musique de chambre. Élève au Conservatoire de Paris, il étudie l’écriture musicale de 1973 à 1976, et remporte à l’issue de ses études le 1er prix de solfège spécialisé, d’harmonie et d’analyse musicale. De retour à Caen, il se passionne pour le jazz après avoir entendu Relaxin de Miles Davis et remplace le pianiste Bibi Louison dans un trio local. 
En 1977, il a 18 ans. Alors qu’il est accompagnateur au conservatoire de Bordeaux, il entre dans la Compagnie de Bernard Lubat, multi-instrumentiste inclassable et agitateur d’idées : « Je dois beaucoup à Bernard : deux années à désapprendre… et son sens de la démesure, dont je garde toujours des séquelles irrémédiablement créatives. ».

En 1982, après avoir rencontré l’organiste Eddy Louiss, Emmanuel Bex achète son premier orgue Hammond B3, qui devient alors son principal instrument. Il multiplie les rencontres avec des musiciens africains (Ray Lema) et des bluesmen, avant de former un duo en compagnie du percussionniste Xavier Jouvelet. Ils vont tourner en Europe pendant cinq ans avec le Ciné-Concert « Bex et Jouvelet contre King- Kong ». 
Emmanuel Bex reçoit le Prix de Composition de la Sacem en 1984 pour Le Rayon Vert, associant la musique, le texte et l’image autour de l’œuvre de Jules Verne. De 1986 à 1988, il joue et enregistre en trio avec le violoniste Jean-Luc Pino et le batteur Yves Teslar tout en occupant un poste de professeur de piano au CIM. Il enregistre Triple idiome avec son trio et collabore à la Bande à Badault, orchestre fondé par le pianiste Denis Badault. 
A cette époque, il crée son premier Bex’tet, un quintet avec lequel il enregistre trois albums (Enfance en 1991, Organique en 1993 et Rouge et or en 1995, qui reçoit un « Choc de l’Année » Jazzman). Le saxophoniste anglais Ronnie Scott les rencontre au Pan Jazz Festival de Trinidad et les invite dans son célèbre club de Londres. Dans le même temps l’Académie du jazz lui décerne en 1995 le prix Django Reinhardt. 
Les enregistrements et les tournées internationales se succèdent, en compagnie de Babik Reinhardt, Christian Escoudé, Gordon Beck, Claude Barthélemy, Marcel Azzola, Biréli Lagrène, André Ceccarelli, Sylvain Beuf, Michel Graillier, Aldo Romano… 

Puis il crée un autre trio mythique : B.F.G. avec Glenn Ferris au trombone et Simon Goubert à la batterie, il publie un album Here and now (naïve) largement récompensé (Grand prix de l’Académie Charles-Cros, « Choc de l’année » Jazzman, Prix Boris Vian de l’Académie de jazz, Django d’Or 2002 dans la catégorie Meilleure formation de l’année…). 
En 2004, Emmanuel Bex reçoit le Django d’Or du Musicien de l’année, et publie dans le même temps l’album solo Conversing with melody (naïve), initiant une série de concerts avec de nombreux invités tels que Steve Shehan, Aldo Romano, Michel Portal ou Didier Malherbe. 

En 2010, il monte l’association Saint-Denis jazz, initiant des soirées avec les grands noms du jazz européens et des premières parties de talents amateurs. Au sein de l’association, il monte également une chorale “la belle Zoé” et un orchestre « La Grande Soufflerie » avec les amateurs de Saint-Denis.