Née en Afrique du Sud, Pretty Yende grandit dans le township de Thandukukhanya, à Piet Retief, une ville de la province du Transvaal. À l’âge de seize ans, elle remporte un concours de chant, ce qui lui permet de passer une audition au Collège de musique d’Afrique du Sud, qui dépend de l’université du Cap. Elle y étudie avec Virginia Davids, la première femme noire à s’être produite sur la scène lyrique sud-africaine durant l’apartheid. Sa performance très remarquée à la compétition internationale Hans Gabor Belvedere à Vienne en 2009, où elle remporte le Premier prix dans toutes les catégories, lui ouvre les portes de l’Academia Teatro Alla Scala de Milan.

En 2011, elle remporte le concours Operalia Plácido Domingo et sort diplômée de l’Académie de La Scala de Milan. Par la suite, elle fait ses débuts au Metropolitan Opera de New York et au Theater an der Wien (la Comtesse Adèle du Comte Ory), à l’Opéra de Los Angeles (Micaëla) et au l’Opéra d’État de Hambourg (Fiorilla du Turc en Italie).
Par la suite, elle se produit au Metropolitan Opera de New York dans Le Barbier de Séville, Roméo et Juliette, Les Puritains, Lucia di Lammermoor. Elle fait ses débuts au Bayerische Staatsoper de Munich dans L’Élixir d’amour et aborde le rôle de Marie (La Fille du régiment) à la Maestranza de Séville. Elle chante dans Riccardo et Zoraide au Festival de  Pesaro, Les Puritains au Gran Teatre del Liceu de Barcelone, Les Pêcheurs de perles et La Fille du régiment au Metropolitan Opera de New York, La Somnambule à l’Opéra allemand de Berlin, à l’Opéra de Zurich et au Théâtre des Champs-Élysées, Lucia di Lammermoor et L’Élixir d’amour au Bayerische Staatsoper de Munich, Le Voyage à Reims au Théâtre Bolchoï de Moscou, La Traviata à l’Opéra d’État de Vienne.

Au cours de la saison 2022-2023, elle a chanté Violetta Valéry (La Traviata) à l’Opéra de San Francisco et à l’Opéra d’État de Vienne, Marie et le rôle-titre de Manon à l’Opéra d’État de Vienne, Micaëla au Staatsoper Unter den Linden de Berlin, Gilda (Rigoletto) et les quatre héroïnes des Contes d’Hoffmann à l’Opéra d’État de Hambourg. Le 6 mai 2023, elle s’est produite à l’occasion du couronnement du roi Charles III à l’Abbaye de Westminster.

Cette saison, Pretty Yende retourne à l’Opéra d’État de Vienne pour interpréter La Sonnambula. Elle revient à l’Opéra de Paris pour incarner Olympia dans Les Contes d’Hoffmann ; au Royal Opera House, Pretty reprendra son rôle dans Rigoletto de Verdi. Elle est également Violetta dans La Traviata au Staatsoper Inter Den Linden de Berlin.

Pretty Yende a chanté au Festival de Saint-Denis en 2022, dans le Stabat Mater de Pergolèse dirigé par Louis-Noël Bestion avec l’ensemble Les Surprises.