Magdalena Kožená est née à Brno où elle a étudié le chant et le piano. Elle a reçu plusieurs prix importants dont le prestigieux Concours international Mozart à Salzbourg en 1995.
Elle a travaillé avec les plus grands chefs d’orchestre comme Claudio Abbado, Pierre Boulez, Gustavo Dudamel, Sir John Eliot Gardiner, Bernard Haitink, Nikolas Harnoncourt, Mariss Jan- sons ou Charles Mackerras et parmi ses partenaires de récital figurent les pianistes Daniel Barenboim, Yefim Bronfman, Malcolm Martineau, András Schiff et Mitsuko Uchida, avec qui elle s’est produit dans des lieux prestigieux tels que Carnegie Hall, Wigmore Hall, Alice Tully Hall et l’Amsterdam Concertgebouw, et aux festivals Aldeburgh, Edinburgh ou Salzbourg. Elle est également sollicitée comme soliste avec les orchestres philharmoniques de Berlin, Vienne, Cleveland, Philadelphie ou Amsterdam.

Elle a donné un premier récital avec Malcom Martineau en 2000 au Festival de Saint-Denis.